Article paru Spectrométrie
Un logiciel pour le diagnostic médical
Dans le cadre du projet Computis, le CEA LIST a développé le premier logiciel de visualisation, traitement et structuration de spectres et d'images de spectrométrie de masse. Il offre des débouchés dans l'industrie pharmaceutique et le diagnostic médical
Utilisée dans pratiquement tous les domaines scientifiques (physique, astrophysique, chimie en phase gazeuse, chimie organique, dosages, biologie, médecine), la spectrométrie de masse permet de détecter et d'identifier des molécules d'intérêt par mesure de leur masse. Dans le cadre du projet européen Computis, le CEA a développé des méthodes automatiques pour traiter les importantes quantités de données issues de ces analyses, les classer, les structurer et les décomposer de façon à repérer les informations pertinentes. “Nous avons développé un outil non seulement destiné à la visualisation et au traitement des données, comme la plupart des logiciels fournis avec les spectromètres, mais également à l'analyse et à la compréhension de ces données très riches en information”, explique Marie-France Robbe, chef de projet au CEA LIST. Baptisé“fxSpectViewer”, le logiciel fait appel à des algorithmes combinant des qualités de robustesse, de rapidité et de sobriété en espace mémoire, afin de traiter rapidement de très gros volumes de données (de 0,5 à 5 Go par image en général). Alors que les scientifiques devaient jusqu'à présent étudier un à un les pics correspondant aux molécules présentes dans l'échantillon (ce qui pouvait prendre plusieurs jours), “fxSpectViewer” isole en quelques minutes un grand nombre de pics apportant une information significative, caractérisés par leur localisation dans l'image et leurs propriétés statistiques. Le logiciel permet également d'afficher l'image correspondant à un pic donné, de la découper en sous-zones... De plus, un module de “structuration” a été développé de façon spécifique pour structurer et décomposer des données en classes pertinentes. Le logiciel a d'ores et déjà fait ses preuves en permettant au CNRS et au Généthon de mettre en évidence, en un temps record, certains marqueurs lipidiques de la myopathie de Duchenne et de vérifier l'efficacité du traitement de cette maladie par thérapie génique sur des souris. Le logiciel a également permis de visualiser la fixation de médicaments dans certains tissus. Des évolutions sont prévues. “Nous recherchons actuellement des partenaires pour développer une nouvelle version qui serait capable de faire une cartographie précise des lipides, peptides et métabolites présents dans les tissus, voire une aide au diagnostic pour les professionnels de la santé en repérant des marqueurs caractéristiques de maladies et en analysant les résultats obtenus par différentes techniques d'imagerie.” Ce type de logiciel ouvre de belles perspectives dans de nombreux domaines, tels que la recherche en génomique, ou encore pour le diagnostic ou le suivi thérapeutique de nombreuses maladies neurodégénératives et cancers.
